Os cientistas do Team Rocket tentaram criar o Pokémon mais poderoso que existia e eles conseguiram. Um clone feito do DNA de Mew, Mewtwo ficou furioso com sua existência como nada além de uma ferramenta para lutar. Com raiva, ele destrói a base do Team Rocket e estabelece uma base no meio do oceano, convidando treinadores fortes a virem e enfrentar seu exército de super clones. Quando Ash e companhia são convidados para a ilha, as intenções de Mewtwo ficam claras e cabe a eles, aos outros treinadores e a todos os Pokémon originais, incluindo Mew, detê-lo. A batalha de Pokemon vs. clone começa! (Obs.: Autorado)
